隶属于美国军方的某神秘机构，正在进行着一项隐形技术的研究。科学家塞巴斯蒂安·凯恩（凯文·培根 Kevin Bacon 饰）是这支小组的主要负责人，经过多年的努力，他们的研究在动物身上已经初见成效。急功近利的塞巴斯蒂安无视药物的不稳定性，执意在自己身上尝试。该药物的隐形效果非常出色，但是塞巴斯蒂安却无法恢复正常。为此，他的搭档琳达·福斯特（伊莉莎白·舒尔 Elisabeth Shue 饰）和马特·肯辛顿（乔希·布鲁林 Josh Brolin饰）抓紧解药的开发，而塞巴斯蒂安却越来越喜欢隐形的感觉，透明的状态让他可以为所欲为。为了保持现有状态，他变得丧心病狂……
在一个本应平和的日子里，美国队长（罗杰·克莱格·史密斯 Roger Craig Smith 配音）和钢铁侠（Adrian Pasdar 配音）两个好友彼此角力，互不服输，但彼此的友情也在这一过程中得到见证。另一方面，野心勃勃的红骷髅（Liam O'Brien 配音）绝不甘心此前的败绩，他雇来掌握了复仇者联盟超级英雄们全部技能的模仿大师（Clancy Brown 配音），发誓要彻底摧毁美国队长和钢铁侠这两个难缠的对手。按照之前的计划，一队九头蛇士兵入侵斯塔克的飞船，盗走了威力强大的斥力加农炮；与此同时，美国队长遭遇模仿大师，最终成为对方的俘虏，面临着被红骷髅转化的厄运。
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