谁也不曾想过,七十年前那期神秘的罗斯威尔事件,时至今日仍对全体人类产生着如此巨大的影响。并且鲜少有人窥见真相的全貌,即使它就在那里。某天,过着颓废生活的前联邦探员福克斯·穆德(大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰)以及他最为信赖的搭档——正在某某教会医院担任医师的丹娜·斯科莉(吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰)重新聚在一起。原来一档旨在揭露政治黑幕节目的主持人找到他们,希望二人披露政客利用外星人来控制人类的真相。以此为契机,关闭已久的X档案重新开启。一度对各种离奇事件失去信心的穆德,在斯科莉的陪伴下重新踏上征程。 而这一路上,层层隐藏起来的真相以及人类可怕的未来,将相继呈现在他们的眼前……
CIA的反恐行动已经接近尾声,Joe(佐伊·索尔达娜 Zoe Saldana 饰)、Kaitlyn(妮可·基德曼 Nicole Kidman 饰)和Byron(迈克尔·凯利 Michael Kelly 饰)招募了一名新特工来潜入一个以前不为人知的威胁。随着来自各方的压力越来越大,Joe作为“母狮”计划的领导者,必须做出巨大的个人牺牲。